橋上駅舎とは逆に、駅舎のみを地下に設置した地下駅舎もある。効果としては橋上駅舎と似ている。橋上駅舎よりは上下する距離が短いが、構内が暗いなどの欠点もある。地上にはホームのほかに出入口が設けられるが、地下鉄の駅出入口のように小規模のものもあれば、一般の地上駅舎なみの立派な出入口を設けている例も見られる。
高架駅とは、鉄道が高架化された場合など、ホームが高架部分にある駅のことである。この場合、駅舎も高架の部分に造られる場合と、階段を下りた高架下などの地上に造られる場合がある。
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駅舎は高架下を利用して設置されていることが多い。高架線で開通した路線の駅や、地上を走る路線の高架化による連続立体交差事業に伴って、古くからの地上駅が高架駅に改築された場合が多い。広義では築堤も高架であり、築堤上にホームを持つものも高架駅と言える。
踏切が無いのが特徴で、高架駅の利点というより高架橋の利点であるが、高架下が有効に使用できる。駅舎を高架下に設置する場合は駅舎の用地取得が省け、また高架下に各種小売店など商業施設などのテナントを入居させるなど、利用価値の高い駅周辺の土地を有効活用できる。
高架下に駅舎を設置する場合、乗客が駅両側から改札まで等しい距離で到達できる。ホーム間の連絡通路が高架下に設けられることも多く、この場合ホームまでの上下移動が、橋上駅舎を設置した地上駅の半分で済み便利である。
しかし高架の建設費がかさんだり、車椅子やベビーカーなどの交通弱者の場合は駅員や周りの人の手助けが必要となるという点もある。近年はエレベーターなどの設置によりバリアフリー化を図っているので後述の点は解消が進んでいる。